Đồn biên phòng Côn Đảo quản lý, bảo vệ biên giới vùng biển 16 hòn đảo lớn, nhỏ. Đây là địa bàn có thế mạnh về phát triển du lịch, khai thác đánh bắt hải sản, đồng thời cũng là nơi có vị trí đặc biệt quan trọng về an ninh quốc phòng. Chính vì vậy, công tác bảo đảm an ninh khu vực biên giới biển luôn được lực lượng biên phòng nơi đây đặt lên hàng đầu.