Tại cơ sở sản xuất của Công ty TNHH Hải sản Phúc Anh và Công ty TNHH Hải Hà (cùng đóng tại số 973, đường 30/4, phường 11, Tp.Vũng Tàu), chất thải nguy hại phát sinh chủ yếu là bóng đèn neon hỏng, dầu nhớt thải, giẻ lau nhiễm dầu …, các chất thải này đã được thu gom, tuy nhiên chưa lưu giữ đúng quy định. Công ty Hải Hà chưa có kho chứa chất thải nguy hại, dầu nhớt rơi vãi, lẫn với nước mưa chảy vào hệ thống thoát nước của khu Thương Cảng. Hiện Công ty Hải Hà và Công ty Phúc Anh đã đầu tư xây dựng hệ thống xử lý nước thải, nhưng đang trong thời gian thử nghiệm. Qua kiểm tra cơ quan chức năng phát hiện một số tồn tại chưa được khắc phục, đoàn kiểm tra liên ngành yêu cầu hai cơ sở này phải khẩn trương hoàn thành hệ thống xử lý nước thải, đảm bảo toàn bộ nước thải phát sinh trong quá trình hoạt động, thu gom phải được xử lý đạt tiêu chuẩn trước ngày 01/12/2010. Sau khi hoàn thành, hai công ty này phải có văn bản báo cáo Sở Tài nguyên và Môi trường. Đồng thời, khẩn trương xây dựng kho lưu giữ và bố trí các thiết bị chuyên dụng để chứa các chất thải nguy hại; phải thực hiện kê khai chứng từ chất thải nguy hại gửi về Sở Tài nguyên và Môi trường. Đoàn cũng yêu cầu các cơ sở này phải thực hiện đầy đủ kê khai và nộp phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp; thực hiện báo cáo chương trình giám sát môi trường với tần suất 2 lần/năm theo đúng cam kết. Riêng với Công ty Hải Hà, phải cải tạo hệ thống thu gom nước mưa, đảm bảo không để các chất thải gây ô nhiễm chưa qua xử lý bị cuốn trôi ra môi trường. 

      Đối với Công ty TNHH thủy sản Thái Bình Dương, (đóng tại số 1738, đường 30/4, phường 12, TP.Vũng Tàu, đi vào hoạt động từ tháng 6/2010), vào thời điểm kiểm tra công ty này đang tạm ngưng hoạt động. Mặc dù đã đi vào hoạt động một thời gian khá dài, nhưng thời điểm kiểm tra công ty này chưa có chủ trương đầu tư của cơ quan có chức năng, chưa lập báo cáo đánh giá tác động môi trường, chưa có giấy phép xây dựng, chưa có giấy phép xả nước thải vào nguồn nước. Lượng nước thải từ sinh hoạt của 70 cán bộ, công nhân viên chỉ được xử lý sơ bộ bằng hệ thống tự hoại, sau đó được đấu nối vào hệ thống xử lý nước thải tập trung của nhà máy. Tại thời điểm kiểm tra, công ty đang cải tạo hệ thống xử lý nước thải, trước đó bể hiếu khí và bể kị khí đã bị thấm, nước rỉ ra môi trường bên ngoài. Đại diện công ty cho biết, nhà máy tạm ngưng hoạt động để khắc phục sự cố trên. Bên cạnh đó, từ khi đi vào hoạt động đến nay, Công ty TNHH Thái Bình Dương chưa thực hiện việc kê khai và nộp phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp và chất thải rắn. Trước thực trạng này, đoàn kiểm tra liên ngành yêu cầu Công ty TNHH Thủy sản Thái Bình Dương phải hoàn thành thủ tục pháp lý về bảo vệ môi trường và các thủ tục xây dựng cơ sở sản xuất;  Khẩn trương hoàn thành hệ thống xử lý nước thải đảm bảo toàn bộ nước thải từ hoạt động của công ty được thu gom và xử lý đạt tiêu chuẩn kỹ thuật theo quy định của cơ quan chức năng. Trong thời gian sữa chữa, khắc phục hệ thống xử lý nước thải, công ty tuyệt đối không được thải nước thải chưa qua xử lý ra môi trường; lập nhật ký vận hành hệ thống xử lý nước thải; thực hiện kê khai và nộp phí bảo vệ môi trường đối với nước thải công nghiệp và chất thải rắn trong quá trình hoạt động; đăng ký hồ sơ xả nước thải ra nguồn nước.